välkommen give2all.org RSS | Lägg till favoriter | Sitemap

hur man skapar fylogenetiska träd

Postad av : Jonathan Nyberg

Fylogenetiska träd är en komplicerad, mycket teknisk bioinformatiska verktyg som används av biologer för att bestämma evolutionära förhållandet mellan olika arter. Framför allt ser fylogeni på skillnader eller likheter i gener mellan arter och syftar till att fastställa de två arterna faktiskt härstammar från en gemensam förfader. Den "träd" är i grunden en illustration av detta evolutionära förhållande. Fylogenetiska träd är svåra att konstruera och bör inte försöka av nybörjare, icke-forskare eller studenter utan ordentlig vägledning från en kvalificerad forskare eller expert. Avancerad (högskolenivå) kunskaper om genetik och Computational Biology krävs
1.
Sätt ihop ett dataset av gener. Detta kräver tillgång till databaser såsom GenBank, EMBL eller DDBJ från vilka nukleotidsekvenser kan laddas ner, samt kunskap om hur man använder dem. Använd sökord eller sekvens-likhet sökningar för att hitta en grupp av sekvenser som är relaterade. Ladda ner "Fasta" format eller textdokument för varje gen ut och sammanställa dessa till en fil.
2.
Rikta in sekvenser i databasen. Utföra olika sekvens anpassningar med hjälp av Computational Biology verktyg som finns på din anläggning, såsom VectorNTI, clustalx, BioEdit, CLCBio Workbench och så vidare. Observera att vissa av dessa verktyg är mycket komplicerade att hantera och kostsamma att använda (site licenser kan kosta uppemot flera tusen dollar), kan detta innan utbildningen vara obligatorisk. Genomför en progressiv sekvensinpassning där sekvenser läggs en efter en och liknande nukleotider är matchas upp (dvs anpassade) tills justeringen är etablerad. Detta måste vara mycket noggrann från början. Misstag här får en förstärkning i den slutliga fylogenetiskt träd.
3.
Kontrollera inriktningen. Inte alla delar av anpassningen måste ingå i uppbyggnaden av fylogenetiskt träd, till exempel ta bort eventuella luckor införas under byggandet av anpassningen. Ta också bort eventuella oklara, dåligt eller tvetydig anpassningar. Om genen studeras faktiskt producerar ett protein, överväga om det vore lämpligt att omvandla den nukleotidsekvens anpassningen till ett protein sekvensinpassning. Detta beror på hur mycket data som erhålls från trädet (aminosyra sekvenser kommer att vara mer informativ). Observera att mer i linje sekvenserna är varandra, ju mer evolutionärt besläktade de är (dvs kortare "evolutionära avstånd" från en art till en annan).
4.
Bestäm om trädet ska byggas av "distans-matris" eller "diskreta data"-metoden. Avståndet-matris metoden är enklare och mindre komplicerad och kräver endast avståndet mellan de anpassade sekvenser för att konstruera den mest lämpliga träd. Den diskreta data metoden bryter anpassningen ner i delar och försöker samla alla dessa i trädet, och på grund av detta, ger mycket mer information för senare analys, men de tar mycket längre tid att slutföra än avståndet matris träd
.
5.
Lägg i linje sekvenserna till en fylogeni paket. Flera billiga eller öppen källkod paket finns tillgängliga och är branschstandard, såsom phylip, Mega och PAUP. Clustalx kan användas för enklare träd. Använda clustalx som exempel, ta pauser från anpassning och sedan rätta för justering fel eller multipla substitutioner. Kontrollera att rätt output format ("noder", inte "grenar") är vald. Ställ in programvaran för att "boostrap NJ träd", som kommer att utföra komplicerade beräkningar som krävs för montering av trädet.
6.
Presentera beräknade data som ett träd. Det phylogeney paketet kommer att ha beräknade avstånd som representerar hur liknande (nära) eller olika (långt) sekvenser är från varandra mellan olika arter. Detta kan användas för att rita ett träd, med grenar som företräder dessa sträckor och noder i ändarna av grenarna för att beteckna den art eller genen. Rita denna skala för att ge en god visuell representation av evolutionära avståndet mellan arterna.

Tips och varningar


  • fylogenetiskt träd byggande är ett mycket komplicerat och intensivt beräkningsbiologi förfarande . Det är bäst att söka en utbildad Bioinformatiker att ge vägledning eller praktisk utbildning. Misstag i träd bildning är mycket vanliga men som inte kan lösas manuellt och kommer att kräva avancerade Computational Biology expertis.
    Previous:nothing
    Next:diy grundläggande analog ohmmeter krets
    
    Copyright © 2011 give2all.org