Molekylär elektrostatiska potentialen kartor (MEPMaps) visar fördelningen av avgifter över ytan av en molekyl. Elektrostatisk potential är avgörande för förståelsen av komplexa biologiska processer som proteinveckning. Molekylär modellering grafikprogram tar molekylorbitalteori (MO) information från program som GAMESS att skapa 2D-och 3D molekylär elektrostatiska potentialen kartor för molekyler
Du behöver:.
GAMESS programvara eller liknande ingång file2D eller 3D-grafik molekylmodellering program som MacMolPlotComputer underhåll av programvara.
Ladda ner och installera MacMolPlot molekylär modellering
1.
Hämta rätt version av MacMolPlot från länken i Resources, nedan.
2.
kör Windows Installer för MacMolPlot eller följ installationsanvisningarna för olika operativsystem.
3.
Öppna MacMolPlot från "Program"-menyn.
Mata in molekylen i MacMolPlot
1.
Input molekylen. MacMolPlot användarhandbok listar följande stöds inmatningslägen:
MolPlt, rätvinkliga koordinater, input, log, och IRC filer från GAMESS
Gaussisk loggfiler
Xmol stil XYZ filer
Molden format filer
Protein Data Bank (PDB) filer
Chemical Markup Language (KML) filer
2.
Importera en molekyl som stöds fil genom att välja "Importera" under menyn "Arkiv"-fliken.
3.
Vrid molekyl som behövs samtidigt som man bygger genom att välja "Visa "verktyg. Klicka och dra molekylen kommer att få den att rotera.
Förbereda en 2D Molecular Elektrostatisk kartan Använda MacMolPlot
1.
Välj "ytor" från "underfönster"-menyn fliken.
2.
Välj "General 2D från fil. "
3.
Välj den fil som innehåller de molekylära data.
4.
Välj den molekylära obital uppsättning data som ska användas för molekylär elektrostatiska potentialen beräkningar, till exempel egenvektorer eller MCSCF naturlig orbitaler.
5.
Ange det maximala antalet konturer som ska visas mellan 0 och det största värdet kontur.
6.
Ange maximal kontur värde, begränsa visningen med höga värden i närheten av atomkärnor.
7.
Ställ displayen för att QuickDraw3D på en Mac att fixa MEPMap till molekyl (det kommer att rotera med molekyl).
Alternativt väljer du "Använd mittplan Screen" och "Visa Rita Plan. " Detta gör att användare kan fixa planet för plottning, huvudsakligen avslöjar en bit av den molekylära elektrostatiska potentialen karta. Den MEPMap kommer att räkna när rotera molekylen.
8.
Välj färger för att representera positiva och negativa laddningar. Rött är konventionell för positiva laddningar, blå är standard för negativa laddningar
9
Välj "Uppdatera" för att rita upp MEPMap. . . Uppgifterna kan exporteras för vidare analyser såsom densitet skillnader. Användare kan klippa och klistra in MEPmap bild i ett ordbehandlingsprogram genom att använda menyn "Redigera" kommandon. MacMolPlot stöder också utskrift.
Förbereda en 3D molekylär Elektrostatisk kartan Använda MacMolPlot
1.
Välj "ytor" från "underfönster" menyfliken.
2.
Välj "General 3D från fil. "
3.
Välj den fil som innehåller de molekylära data.
4.
Välj molekylorbitalteori uppsättning data som ska användas för molekylär elektrostatiska potentialen beräkningar, till exempel egenvektorer eller MCSCF naturliga orbitaler. Det finns liknande alternativ i 3D-modellen som 2D-modellen, med tillägg att välja en fast eller trådmodell utseende.
5.
Välj "Free MEM" för att frigöra datorns minne när beräkningen av 3D molekylär elektrostatiska potentialen karta. Det finns liknande export och utskriftsalternativ finns i 3D molekylär elektrostatiska potentialen modell.
6.
Det finns liknande export och utskriftsalternativ finns i 3D molekylär elektrostatiska potentialen modell.
tips och varningar
- MacMolPlot finns i MacOS, Linux och Windows-versioner. MacMolPlot är gratis, men användarna ombeds att fylla i en enkät för program förbättring.
- Även om användarna kan bygga molekyler i MacMolPlot, den resulterande modellerna saknar de grundläggande omloppsbanor information för att rita 2D-och 3D molekylär elektrostatiska potentialen kartor. Säkerställa att det importerade molekylen filformat innehåller egenvektorer, MCSCF naturliga orbitaler eller data vågfunktion. Efter att bygga en molekyl i GAMESS eller Chem3D, utför GAMESS optimering beräkningarna för vågfunktion kommer ta allt från 40 minuter till 2 eller 3 dagar, beroende på komplexiteten av molekylen och den valda atomär orbital grund som. Detta måste kompletteras innan du importerar till MacMolPlot för molekylär elektrostatiska potentialen kartläggning. Planera i förväg.
